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　　宋代理学带来了当时社会文化和科技全面的进步，是中国古代自然科学与人文科学汇流的结晶，对中医药学发展的启迪和推动发挥了重要作用。它不仅是联系中医界与文化界的纽带，还可能为中医药学方法论的创新带来生机。

　　朱熹是南宋著名的理学家、哲学家、教育家、理气派的领军人物，主张“太极动静”和“理一分殊”。其关于宇宙、天文、气象的自然论、太极动静的学说、从物到理的认知过程、有关情性、形神、魂魄的理论探索，对中医学术思想产生了重要的影响。从理学到医学的这种影响，是直接通过朱熹的再传弟子朱丹溪实现的，而朱丹溪同时又承河间学派的正传（刘河间传荆山浮屠，荆山传罗知悌，罗授朱丹溪），终成一家之言；由其所创立的丹溪学派（又称滋阴派）从古至今、由中到外（如日本的丹溪学社）辐射至整个中医药的学术思想。

　　对于《黄帝内经》，宋代理学家们非常重视，邵雍把它与道家的经典《阴符经》并列。程颢认为：“《素问》书，出战国末，气象可见。”朱熹对此更为关切，在《朱子全书·古史余论》中说：“至于战国之时，方术之士，遂笔之于书，以相传授，如列子之所引，与夫《素问》、《握奇》之属，盖必有粗得其遗言之彷佛者，如许行所道神农之言耳。”朱丹溪远绍朱子正传，著书《格致余论》，是他用力最深的医著，借以阐发其“相火论”与“阳有余阴不足论”的重大观点，同时表明自己理学正传的身份。

　　刘完素将其与弟子研究《伤寒论》的著作冠以《伤寒直格》为名，取理学“格物致知”之意。刘河间干脆把张仲景推之为“医门之孔子”。他用的这种比较法，也影响了后世医家，如清代俞震《古今医案按》云：“仲景《伤寒论》，犹儒之《大学》、《中庸》也”，直把《伤寒论》比作儒门之经典。另外，金代易水学派的创始人张元素虽已考中进士，但因犯讳落第。李东垣为其师张元素的枳术丸作方解时，谈到“荷叶”一味便效仿周敦颐“爱莲说”：“荷叶之体，生于水土之下，出于秽污之中，而不为秽污所染，挺然独立。”主张攻邪的张从正在其弟子麻知己、常仲明的帮助下，将自己的攻邪论与汗吐下三法著成《儒门事亲》一书，以解儒门经义为崇高理想。

　　朱熹对日食和月食的观察是很细致的，对其原理的阐发和时间的推算基本上是准确的。他阐述云生雨、雾生成的道理：“气蒸而为雨，如饭甑盖之，其气郁而淋漓。气蒸而为雾，如饭甑不盖，其气散而不收。”在宇宙生成的问题上，朱熹提倡浑天说，并与张载所持的宣夜说进行了融合，对其进行了合理的改造，这在当时是最先进的。就古代医家而言，一般都持浑天说观点，《素问·五运常大论》认为“地在人之下，太虚之中者”，因“大气举之也”。这种模式肇源了后世医家喻昌创“大气论”。吴鞠通对此也津津乐道。承朱子之学，朱丹溪利用“天大地小”、“日圆月缺”的现象来阐发他关于“阳有余阴不足”的道理。

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